De kerk van Saaxumhuizen is een laat Middeleeuwse kerk, waarschijnlijk in de periode tussen 1350 en 1450 gebouwd. Bij de kerstening in het noorden in de 7e en 8e eeuw (Bonifacius) bouwde men de kerken van hout, leem en riet. In de 
12e eeuw liet men tufsteen uit België via Utrecht en Deventer komen om kerken te bouwen. Aan het einde van de 12e eeuw werd het baksteen uitgevonden. Baksteen voldeed als bouwmateriaal en er was voldoende klei voorhanden. Men kan dus meer gaan bouwen. Vooral in het noorden onder de Cistecieenser monniken (grijze/schiermonniken) werden veel kerken gebouwd. De stijl waarin deze kerken werden gebouwd, heet Romanogotiek; Romano vanwege zijn soberheid en Gotiek vanwege een aanzet tot spitsboogramen.
De kerk van Saaxumhuizen is een voorbeeld van zo'n Romanogotische kerk. Helaas is er niet veel meer van de oorspronkelijke architectuur herkenbaar, wel de vorm. Op de tweede verdieping in de toren zijn de oude bakstenen muren nog zichtbaar. Helaas is de buitenkant van de kerk aan het begin van deze eeuw voorzien van een stuklaag, waardoor de oorspronkelijke bakstenen en de zg. kloostermoppen niet meer zichtbaar zijn. Typisch voor het noorden van Groningen is deze eenbeukige kerk met een recht koor. De volledige rechthoekvorm zoals hier komt alleen in baksteen voor. De bakstenen muren zijn 93 cm dik, eveneens een Romanogotisch kenmerk (muurdikte tussen 70 en 120 cm). Het schip (eenbeukig) bestaat uit 3 traveeën, d.w.z. uit 3 steunen waarop het gewelf rust. Vanuit de rechthoek werd de indeling in traveeën berekend volgens de stelling van Pythagoras.
Enkele oude ramen zijn nog vaag te onderscheiden in de noordmuur en achter de kansel. De toren stond vroeger los van de kerk in de noordwesthoek en had een zadeldak. Deze toren is in verval geraakt en in 1848 heeft men er de huidige toren aan vastgebouwd.
In 1858 kwam de toren gereed die in 1916 voorzien werd van een uurwerk van de uurwerkmaker J. Veenhof uit Groningen. Het uurwerk werd in 1982 in hun vrije tijd geheel gerestaureerd door de heren Ritsema en Kraaij, respectievelijk uurwerk- en instrumentmaker. De klok in de toren dateert uit 1948. De vorige klok die groter en zwaarder was werd in WO II door de Duitsers geroofd en omgesmolten. De helft van het oude houten luidwiel is bewaard gebleven en is in de hal van de kerk te zien. De huidige klok, vervaardigd in Heiligerlee, weegt 500 kilo. Vanaf de tweede helft van de 16e eeuw tot aan 1975 is de kerk een Nederlands-hervormde kerk geweest, voordien een Rooms-katholieke en nu behoort de kerk van Saaxumhuizen aan de Stichting Oude Groninger Kerken.
De ruwe volkszeden verdwenen niet met de Hervorming. Nog ver na 1600 trok de kerk van leer tegen zuip- en dansfestijnen en ander goddeloos of heidens vermaak, zij het met weinig succes. Telkens bleek weer dat niet alleen de bevolking, maar ook de voorgangers zich hieraan niet wilden of konden onttrekken. Zo bestond de onhebbelijke gewoonte dat de kerkgangers vaak al weg liepen, voordat de dienst beëindigd was.
12e eeuw liet men tufsteen uit België via Utrecht en Deventer komen om kerken te bouwen. Aan het einde van de 12e eeuw werd het baksteen uitgevonden. Baksteen voldeed als bouwmateriaal en er was voldoende klei voorhanden. Men kan dus meer gaan bouwen. Vooral in het noorden onder de Cistecieenser monniken (grijze/schiermonniken) werden veel kerken gebouwd. De stijl waarin deze kerken werden gebouwd, heet Romanogotiek; Romano vanwege zijn soberheid en Gotiek vanwege een aanzet tot spitsboogramen. De kerk van Saaxumhuizen is een voorbeeld van zo'n Romanogotische kerk. Helaas is er niet veel meer van de oorspronkelijke architectuur herkenbaar, wel de vorm. Op de tweede verdieping in de toren zijn de oude bakstenen muren nog zichtbaar. Helaas is de buitenkant van de kerk aan het begin van deze eeuw voorzien van een stuklaag, waardoor de oorspronkelijke bakstenen en de zg. kloostermoppen niet meer zichtbaar zijn. Typisch voor het noorden van Groningen is deze eenbeukige kerk met een recht koor. De volledige rechthoekvorm zoals hier komt alleen in baksteen voor. De bakstenen muren zijn 93 cm dik, eveneens een Romanogotisch kenmerk (muurdikte tussen 70 en 120 cm). Het schip (eenbeukig) bestaat uit 3 traveeën, d.w.z. uit 3 steunen waarop het gewelf rust. Vanuit de rechthoek werd de indeling in traveeën berekend volgens de stelling van Pythagoras.
Enkele oude ramen zijn nog vaag te onderscheiden in de noordmuur en achter de kansel. De toren stond vroeger los van de kerk in de noordwesthoek en had een zadeldak. Deze toren is in verval geraakt en in 1848 heeft men er de huidige toren aan vastgebouwd.
Vanaf 1846 tot 1851 is de kerk zowel in- als uitwendig geheel vernieuwd. De kansel en het bankenbestel dateren echter uit 1829 en zijn vervaardigd door S.S. Kamminga uit Eenrum.
In die zelfde periode zijn de houtsnijwerkversieringen in opdracht van Geurt Gosen Alberda, heer van Dijksterhuis te Pieterburen aangebracht. Dezelfde houtsnijder heeft de kerk van Pieterburen en Eenrum versierd.
In het atelier van Anthonie Wallis in Groningen zijn deze houtsnijwerken vervaardigd. Het wapen van Alderda van Dijksterhuis is boven de herenbank te zien. De herenbank is verder versierd met een afbeelding van het laatste avondmaal dat in 1976 is ontvreemd. De vazen links en rechts van de kansel geven een voorstelling uit evangelie van Matheus en Marcus. Bij de vernieuwingen van 1846 werd het vlakke balkenplafond vervangen door een tongewelf in verband met de plaatsing van het orgel. Het orgel is gebouwd door de orgelmakers van Oeckelen.
Petrus van Oeckelen kwam in 1837 naar Groningen en heeft het orgel tussen 1848 en 1851 gebouwd. Er is sindsdien weinig aan het orgel veranderd. De kosten voor het orgel bedroegen in die tijd fl. 3.360.-- en dit werd uit eigen middelen betaald. De toenmalige dominee J. Steen regelde dit zelf met van Oeckelen.
Tot aan 1918 is het orgel door de van Oeckelens voor fl. 14.-- per jaar onderhouden. In 1987 is het orgel in opdracht van de St. Oude Groninger Kerken in zijn geheel door de firma Mense Ruiter gerestaureerd. Rond 1850 is er veel in en rond de kerk veranderd. Er werd o.a. een woning voor de organist gebouwd. In die periode ging het economisch weer goed. Na een aantal watersnoodrampen stroomden de kerken weer vol.
In het atelier van Anthonie Wallis in Groningen zijn deze houtsnijwerken vervaardigd. Het wapen van Alderda van Dijksterhuis is boven de herenbank te zien. De herenbank is verder versierd met een afbeelding van het laatste avondmaal dat in 1976 is ontvreemd. De vazen links en rechts van de kansel geven een voorstelling uit evangelie van Matheus en Marcus. Bij de vernieuwingen van 1846 werd het vlakke balkenplafond vervangen door een tongewelf in verband met de plaatsing van het orgel. Het orgel is gebouwd door de orgelmakers van Oeckelen.
Petrus van Oeckelen kwam in 1837 naar Groningen en heeft het orgel tussen 1848 en 1851 gebouwd. Er is sindsdien weinig aan het orgel veranderd. De kosten voor het orgel bedroegen in die tijd fl. 3.360.-- en dit werd uit eigen middelen betaald. De toenmalige dominee J. Steen regelde dit zelf met van Oeckelen. Tot aan 1918 is het orgel door de van Oeckelens voor fl. 14.-- per jaar onderhouden. In 1987 is het orgel in opdracht van de St. Oude Groninger Kerken in zijn geheel door de firma Mense Ruiter gerestaureerd. Rond 1850 is er veel in en rond de kerk veranderd. Er werd o.a. een woning voor de organist gebouwd. In die periode ging het economisch weer goed. Na een aantal watersnoodrampen stroomden de kerken weer vol.
In 1858 kwam de toren gereed die in 1916 voorzien werd van een uurwerk van de uurwerkmaker J. Veenhof uit Groningen. Het uurwerk werd in 1982 in hun vrije tijd geheel gerestaureerd door de heren Ritsema en Kraaij, respectievelijk uurwerk- en instrumentmaker. De klok in de toren dateert uit 1948. De vorige klok die groter en zwaarder was werd in WO II door de Duitsers geroofd en omgesmolten. De helft van het oude houten luidwiel is bewaard gebleven en is in de hal van de kerk te zien. De huidige klok, vervaardigd in Heiligerlee, weegt 500 kilo. Vanaf de tweede helft van de 16e eeuw tot aan 1975 is de kerk een Nederlands-hervormde kerk geweest, voordien een Rooms-katholieke en nu behoort de kerk van Saaxumhuizen aan de Stichting Oude Groninger Kerken.
De ruwe volkszeden verdwenen niet met de Hervorming. Nog ver na 1600 trok de kerk van leer tegen zuip- en dansfestijnen en ander goddeloos of heidens vermaak, zij het met weinig succes. Telkens bleek weer dat niet alleen de bevolking, maar ook de voorgangers zich hieraan niet wilden of konden onttrekken. Zo bestond de onhebbelijke gewoonte dat de kerkgangers vaak al weg liepen, voordat de dienst beëindigd was.
In Saaksumhuizen leidde dit in 1544 tot een incident. Op kruisverheffinsdag (14 september 1544) preekte de pastoor Gods woord aan 'sijn bueren' en waarschuwde hen meteen niet veur het einde der preek naar buiten te gaan.
Toen een der toehoorders dit toch deed en de geestelijke hem vroeg, of hij niet had gehoord wat hij had gezegd, antwoorde de man in kwestie brutaalweg dat hij de kerk uit wilde om eens te 'schiten', en of de pastoor misschien mee wilde? De boete was niet mals en werd door de wereldlijke rechter opgelegd, een bewijs dat hier een zaak van de openbare orde en niet de kerkrechtelijke betrof.